«Герои меча и магии III: Возрождение Эрафии» содержали некоторые баги, которые в определённых ситуациях серьёзно нарушали игровой баланс и даже породили основанные на них стратегии ведения игры. К наиболее серьёзным из них относятся следующие.

При осаде замка выстрел катапульты, направленный в основную башню замка, обязательно попадал и разрушал малую боковую башню. Это существенно ослабляло обороняющуюся сторону.
Постройка маяка в замке дает бонус к передвижению по воде и вам, и вашему противнику.
Если в тот же ход, в какой вы посетили сирен вы вступите в бой, то вы сможете снова посетить сирен.
Если «событие» в виде засады спрятано на квадрате воды, а герой, используя магию или артефакты полета/хождения по воде, пролетает над этим квадратом игра «вылетает», так как бой без корабля с засадой в воде не обрабатывается игрой.
Как известно, над проклятой землей нельзя произносить заклинания, но это не мешает произносить заклинания компьютерному игроку и вашему герою в режиме «автобитвы». В режиме «быстрая битва» заклинания тоже используются над проклятой землей — на это указывает снижение количества маны после сражения с игроком, даже если у него нет существ её ворующих.
В режиме тактического построения при осаде циклопы могли атаковать стены и башни замка, полностью лишая защищающуюся сторону укреплений ещё до начала битвы.
При поражении и перевербовке в таверне герой получал некоторое количество низкоуровневых войск. Для героев, чьей специализацией как раз были низкоуровневые войска (например, гремлины или скелеты), это количество было весьма значительным, нанимать их так было даже дешевле, чем обычным способом. При наличии денег перевербовка давала возможность отсадить все войска, кроме одного представителя, в замок, атаковать близлежащего монстра, сбежать с поля боя (для этого монстр не должен стрелять или быстро перемещаться), затем перевербовать героя с новой порцией войск и повторять это, пока есть деньги на перевербовку. Такая стратегия в среде игроков получила название англ. Gremlin Rush («гонка за гремлинами»), поскольку именно этот тип войск является наиболее подходящим для неё.
В режиме мультиплеера наблюдались вылеты в Windows при различных обстоятельствах.
Если во время боя нажать кнопку «магия» при зажатой на клавиатуре клавише С , то магию можно запустить два раза за ход. Поправлено в платиновой версии.
Если на берегу выкопать яму (используя режим поиска Грааля), то в это место нельзя будет высадиться с корабля. Это позволяет изменять ландшафт местности — «окапывая» свои берега и тем самым предотвращая нежелательную высадку противников в определённую местность.
ИИ, когда оценивает силы противника при штурме замка, неправильно оценивает мощь последнего. А если оставить себе несколько самых скоростных юнитов, а всё остальное посадить на замок — ИИ ошибается ещё больше. Более того, при расчёте соотношения сил при штурме замка ИИ, скорее всего, не делает поправку на процентное соотношение летающих/стреляющих юнитов к общему числу юнитов, если не прокачано умение баллистики. В довершение всего, ИИ, очевидно, не подозревает о минах в замке магов, что големы плохо пробиваются магией, что необходимо стрелками стрелять в палатку, если её влияние критично (у обороняющегося героя прокачано умение первой помощи), и не догадывается о двойном рве на болоте, что если в замке много стрелков или сильных летунов или сильных и быстрых бегунов, катапульта не прокачана и нет ни заклятия «Землетрясение», ни циклопов, то катапульта будет быстро уничтожена, и всю армию разобьют башни. Чтобы увеличить шанс ИИ неправильно оценить расклад сил, необходимо против мага максимально разделять отряды, против всех — разделять отряды в соответствии с рангами количества (1-4, 4-9 и т. д.), к примеру: у героя 4 юнита, на замке 99. ИИ, скорее всего, для оценки количества юнитов берёт средние значения диапазона. Баг не поправлен вплоть до платиновой версии.
Атакуя замок, ИИ не берёт в расчёт стены (и башни), и атакует при тех же условиях, при каких атаковал бы обычного героя. Поэтому легче защищаться от нападающего компьютера в замке (имея 7 отрядов по 1 стальному голему, например, и неплохого мага или артиллериста в гарнизоне).
Если сбежать от монстров с улучшенным стеком, их количество уменьшится дополнительно на величину улучшенного стека. Не действует в строениях.
В начале игры стартовый герой необязательно является героем первого уровня. Это связано с тем, что он посажен генератором в тюрьму. В этом случае тюрьма будет пустой.
Иногда генератор случайных карт не проводит дорогу к стартовому замку, хотя должен. Кроме того, иногда игрок стартует с двумя замками, хотя это не предусмотрено схемой шаблона.
При генерации случайной карты очень часто один и тот же герой попадает к разным сторонам и стороны по очереди им ходят. Выявить в начале игры это возможно только в том случае, если продублированным героем играет человек. Если эта ошибка не выявлена, то в определённый момент игра даёт сбой при обороте.
Заклинание Жертва можно применять на вражеских существ (то есть уничтожить врага, а за счёт его жертвы воскресить союзника)
В Торговце артефактами можно продавать все артефакты по цене самого дорогого. Для этого надо поместить дорогой артефакт в один из пяти слотов внизу («сумка», в которой находятся не надетые на героя артефакты) и прокручивать стрелками артефакты, продавая их только из этого слота.
Можно перемещать союзных героев в гарнизон и из гарнизона их городов, но при этом будут теряться собственные.